Die Viadrina erhebt keine Studiengebühren. Alle Studierenden zahlen ausschließlich einen Semesterbeitrag, der bei der Immatrikulation oder Rückmeldung bezahlt wird. Der Semesterbeitrag geht nicht an die Universität, sondern wird in voller Höhe an das Studentenwerk oder den AStA weitergeleitet.

Das Studium an der AMU ist für EU-Bürger:innen ebenfalls gebührenfrei. Die Gebühren für Nicht-EU-Bürger:innen werden im Frühjahr vor Beginn des Studienjahres bekannt gegeben. Für alle Studierenden fallen lediglich die an der AMU üblichen Verwaltungsgebühren an, z.B. für die Ausstellung des Studentenausweises oder die Wiederholung von Seminaren bei nicht bestandenen Prüfungen.